Kolekcje Instytutu Botaniki im. W. Szafera PAN mają charakter kolekcji narodowej (pn. „Narodowe Kolekcje Bioróżnorodności Organizmów Współczesnych i Kopalnych IB PAN”, wg „Mapy Drogowej Infrastruktury Badawczej w Polsce”). Instytut jest jednym z najważniejszych ośrodków, dysponentów zbiorów naukowych i baz różnorodności biologicznej roślin naczyniowych i kryptogamów (mszaków, glonów i grzybów) Europy i świata. O dostępności i znaczeniu międzynarodowym zbiorów świadczy uwzględnienie ich w funkcjonujących od wielu lat międzynarodowych bazach danych, np.: Index Herbariorum, Index Fungorum, Algae Base. Początki tworzenia regularnej kolekcji botanicznej sięgają roku 1867 i związane są z dawnym Muzeum Komisji Fizjograficznej Akademii Umiejętności. Najstarsze, historyczne zbiory zabezpieczone w Instytucie pochodzą z przełomu XVIII i XIX wieku. Kolekcje Instytutu, których łączna liczba numerów inwentarzowych wynosi blisko 1,5 mln (około 230 tys. jednostek pozostaje do opracowania) są jedynymi w Polsce tak zróżnicowanymi pod względem geograficznym jak i reprezentacji grup systematycznych roślin i grzybów. Dodatkowo, zbiory te obejmują izolaty DNA oraz żywe kultury organizmów. Tradycyjnie wykorzystywane jako dokumentacja badań i baza do opracowań systematycznych, przy użyciu nowoczesnych metod (jak genetyka, bioinformatyka, genomika muzealna i środowiskowa, techniki izotopowe) mogą one służyć jako baza dla wielu nowych kierunków badawczych, jak studia ewolucyjne, biogeografia molekularna (np. analiza szlaków migracyjnych gatunków inwazyjnych), analiza bioróżnorodności w aspekcie zmian klimatu, ekologii i ochrony przyrody.