@misc{Szadkowska_Paulina_Róża_Application_2023,
 author={Szadkowska, Paulina Róża},
 editor={Kamińska-Kaczmarek, Bożena (1961– ) : Promotor},
 address={Warsaw},
 howpublished={online},
 school={Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN},
 year={2023},
 publisher={Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN},
 language={eng},
 abstract={Glejaki to pierwotne nowotwory ośrodkowego układu nerwowego. Prawidłowa diagnostyka i terapia tych guzów jest utrudniona ze względu na heterogenność guzów i obecność klonów komórek o różnym genotypie. Obecna klasyfikacja glejaków Światowej Organizacji Zdrowia opiera się na patomorfologicznych i molekularnych cechach materiału z biopsji guza. Rozpoznania dokonuje się na podstawie cech patomorfologicznych (dyfuzyjność, wskaźnik proliferacji, obecność martwicy) oraz wykrytych w guzie specyficznych zmian genetycznych, co prowadzi do sformułowania konkretnych zaleceń terapeutycznych. Sekwencjonowanie nowej generacji jest cennym narzędziem usprawniającym diagnostykę guzów mózgu. Tradycyjna biopsja może nie przedstawiać pełnego spektrum mutacji w przypadku heterogennych guzów, dlatego testowane są alternatywne metody, które umożliwią bardziej całościowe spojrzenie na chorobę. Gdy tradycyjna biopsja lub resekcja nie są możliwe, biopsja płynna byłaby bardzo pomocna w praktyce klinicznej. Biopsja płynna to wykorzystanie płynów ustrojowych do wyizolowania kwasów nukleinowych wolnych od krążących komórek lub krążących komórek nowotworowych w celu wykrycia markerów nowotworowych, które mogą być przydatne w diagnostyce, monitorowaniu choroby lub ustalaniu prognozy. W przypadku pierwotnych guzów mózgu płyn mózgowo-rdzeniowy może zawierać więcej wolnego krążącego DNA (cfDNA) lub RNA (cfRNA) pochodzącego z guza, ale nakłucie lędźwiowe może mieć skutki uboczne, dlatego rzadko wykonuje się je u pacjentów z wyraźnymi objawami pierwotnego guza mózgu. W naszych badaniach staraliśmy się ocenić, czy ulepszenia w izolacji cfDNA, przygotowaniu biblioteki i ukierunkowanym sekwencjonowaniu dostarczyłyby wiarygodnych informacji dotyczących zmian genetycznych w glejaku wielopostaciowym (GBM), najczęstszym i śmiertelnym pierwotnym guzie mózgu. Po analizie cfDNA pochodzącego z krwi wykryto potencjalnie patogenne warianty w 37/84, co w oparciu o aktualną literaturę stanowi poprawę w stosunku do większości badań. Zastosowaliśmy panel genów obejmujący 668 genów związanych z rakiem i sekwencjonowanie nowej generacji do ustalenie spektrum mutacji w trudnych diagnostycznie glejakach dziecięcych. Analiza DNA wyizolowanego ze skrawków utrwalonych w formalinie i zatopionych w parafinie (FFPE) pochodzących z tych guzów ujawniła pełne spektrum potencjalnie patogennych mutacji. Znaleziono kilka interesujących wariantów w genach MTUS, FANCA, RET, które powinny być dalej badane. Hodowle komórkowe pochodzące z guza są cennym systemem in vitro do badania powstawania nowotworów i badań przesiewowych pod kątem substancji terapeutycznych. Jednak nie do końca wiadomo, czy komórki nowotworowe zachowują swoje zmiany genetyczne, a klony komórek w hodowli reprezentują pierwotny nowotwór. Analiza porównawcza mutacji somatycznych obecnych w hodowlach wyprowadzonych od pacjentów GBM wykazała pewne różnice w profilach wariantów, a hodowle komórkowe zawierały więcej wykrywalnych mutacji somatycznych. Może to wskazywać, że niektóre warianty somatyczne mogą zostać pominięte w biopsji z guza ze względu na jej różnorodność, ponieważ guz zawiera zdrowe komórki, mikroglej i makrofagi, które mogą powodować szum tła zmniejszający wykrywalność wariantów guza. Z drugiej strony nowotworowe komórki macierzyste mogą prawdopodobnie uzyskać mutacje podczas hodowli komórkowej, ponieważ ich szlaki naprawy DNA często działają nieprawidłowo, a mitoza jest maksymalizowana przez egzogenne czynniki wzrostu. Obecna klasyfikacja glejaków opiera się na genotypowaniu. Stosowane testy diagnostyczne wykorzystują analizę molekularną DNA wyizolowanego z FFPE lub zamrożonych próbek guza. Prowadzonych jest wiele badań klinicznych i podstawowych, których celem jest udoskonalenie obecnych metod diagnostycznych z wykorzystaniem zarówno cfDNA pochodzącego z krwi, jak i hodowli komórek nowotworowych w celu uzyskania zaleceń terapeutycznych w medycynie spersonalizowanej.},
 type={Tekst},
 title={Application of targeted next-generation sequencing to detect potentially pathogenic alterations in gliomas, circulating tumor DNA and tumor-derived cells : PhD thesis},
 URL={http://rcin.org.pl./Content/240090/WA488_276491_20281_Szadkowska-Paulina-2023.pdf},
 keywords={Glejaki mózgu - diagnostyka, Płynna biopsja, Sekwencjonowanie DNA, Wolnokrążące DNA (cfDNA)},
}